Мониторинг проведения антиретровирусной терапии

1.
Область применения

Методические рекомендации
предназначены для специалистов органов и учреждений Федеральной
службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия
человека, научных учреждений, а также специализированных ЛПО,
осуществляющих организационно-методическую работу по проведению
диагностических, лечебных, профилактических и противоэпидемических
мероприятий по ВИЧ-инфекции в субъектах Российской Федерации
(центры по профилактике и борьбе со СПИД), организаторов
здравоохранения, эпидемиологов, врачей-инфекционистов, специалистов
в области лабораторной диагностики, а также специалистов других
заинтересованных организаций.

В
настоящих методических рекомендациях определены основные принципы
организации и порядок осуществления эпидемиологического надзора за
распространением штаммов ВИЧ, резистентных к АРВ-препаратам. Целью
данных рекомендаций является представление подходов к осуществлению
эпидемиологического надзора за генетическими вариантами ВИЧ,
циркулирующими в России, для минимизации возникновения,
распространения резистентности к АРВ-препаратам в Российской
Федерации, ограничения последствий распространения резистентности
для здоровья населения.

https://www.youtube.com/watch?v=ytabout

Подходы к организации
обследования на резистентность к АРВ-препаратам инфицированных ВИЧ
пациентов, получающих терапию по клиническим показаниям, не
являются целью данного руководства и изложены в других
публикациях.

2.
Введение

В
настоящее время в Российской Федерации растет распространенность
инфекции, вызываемой вирусом иммунодефицита человека
(ВИЧ-инфекции). Со времени выявления в 1987 г. первого случая
заражения ВИЧ всего были обнаружены более 770 тыс.

ВИЧ-инфицированных россиян и сообщено о смерти 150 тыс. из них. В
2012 г. были зарегистрированы более 70 тыс. новых случаев
ВИЧ-инфекции среди граждан Российской Федерации, а общее число
живущих с заболеванием в России оценивалось в 1,2 млн человек.

Все
эти люди могут погибнуть от СПИД, если не получат необходимого
лечения. В 2013 г. в Российской Федерации получали
антиретровирусную терапию более 150 тыс. инфицированных ВИЧ в
Российской Федерации.

Современная антиретровирусная терапия
существенно продляет жизнь инфицированных ВИЧ и снижает риск
передачи ВИЧ-инфекции от пациентов, получающих терапию.Высокоактивная
антиретровирусная терапия, которая должна проводиться пациенту
пожизненно, может оказаться неэффективной в связи с выработкой
резистентности к антиретровирусным препаратам.

В связи с высокой
степенью генетической вариабельности ВИЧ, активной репликацией
вируса и необходимостью длительного приема АРВ-препаратов
возникновение резистентности ВИЧ неизбежно. Резистентность
потенциально развивается ко всем АРВ-препаратам и может проявляться
уже через 14-28 дней после назначения препарата.

Распространение
резистентности ВИЧ к АРВ-препаратам приводит к снижению
эффективности терапии, увеличению смертности от ВИЧ/СПИД и росту
стоимости антиретровирусной терапии.Надзор за резистентностью
ВИЧ к антиретровирусным препаратам позволил выделить 3 этапа в
развитии устойчивости в странах мира.

Первый этап – до 2000 г. –
был связан с началом программ лечения в странах и ростом
распространенности резистентности к нуклеозидным ингибиторам
обратной транскриптазы. В период с 2000 по 2005 гг.

Предлагаем ознакомиться:  Герпес в носу симптоматика и основы терапии у взрослых и детей

отмечался рост
распространенности резистентности к ненуклеозидным ингибиторам
обратной транскриптазы, связанный с расширением масштабов лечения
преимущественно с применением препаратов этого класса.

Последние
несколько лет характеризуются, с одной стороны, снижением
распространенности первичной (передаваемой) резистентности в связи
с оптимизацией лечения, а с другой стороны, появлением множественно
устойчивых штаммов ВИЧ.

В
мире 9,7 млн человек получали антиретровирусную терапию к концу
2012 г. В странах с высоким уровнем дохода (в странах Западной
Европы, Северной Америки, Австралии и Японии) средний уровень
распространенности первичной резистентности у лиц, не имевших опыта
применения АРВ-терапии, в последние годы составляет 10,0-17,0%,
оставаясь стабильным последнее десятилетие.

В странах с низким и
средним уровнем дохода распространенность первичной резистентности
возрастала в период 2003-2010 гг., достигнув максимума – 6,6% в
2009 г.Для пациентов, получающих
APT, в зависимости от длительности приема препаратов уровень
распространенности резистентности может составлять от 5,0-18,8% в
течение первых 12 месяцев терапии до существенно более высоких
показателей в последующие годы.

Среди пациентов с вирусологической
неэффективностью терапии через 12 месяцев после ее начала
60,0-81,0% в разных регионах мира имеют резистентность ВИЧ к
АРВ-препаратам, в основном к НИОТ и ННИОТ, у остальных пациентов
основной причиной неэффективности терапии является низкая
приверженность лечения.

В
Российской Федерации в 2006-2010 гг. в 18 исследуемых регионах
передающаяся лекарственная устойчивость ВИЧ встречалась с низкой
частотой – менее 5%, однако ее распространенность ежегодно
увеличивалась.

На фоне быстро
развивающейся эпидемии ВИЧ-инфекции в России и включения в лечение
большого количества пациентов надзор за резистентностью ВИЧ к
АРВ-препаратам в субъектах Российской Федерации является очень
актуальным, поскольку предоставляет информацию для выбора
предпочтительных эффективных схем антиретровирусной терапии первого
и второго ряда, схем химиопрофилактики передачи ВИЧ-инфекции от
матери к ребенку и схем постконтактной химиопрофилактики.

5.
Общие принципы методов для определения лекарственной устойчивости
ВИЧ на основе секвенирования

1) связанные с
АРВ-препаратами и схемами терапии (неправильно подобранные схемы
терапии, неверная дозировка, взаимодействие с иными лекарственными
препаратами, сложные для приема схемы);

2) связанные с вирусом
(высокая репликативная активность вируса, наличие у пациента
резистентных штаммов до начала APT и вероятное наличие у некоторых
субтипов ВИЧ более низкого барьера к выработке резистентности);

3) связанные с пациентом
(нарушение режима приема антиретровирусных препаратов при APT
(приверженность), в том числе в связи с наличием других
заболеваний, детским возрастом, боязнью стигмы и дискриминации и
т.п.);

Предлагаем ознакомиться:  Особенности проведения процедуры МРТ желудка

4) связанные с
организацией лечения (системы закупок и поставок АРВ-препаратов,
дефицит кадров, неразвитая инфраструктура, снижение доступа для
пациентов к различным видам медицинской помощи и т. п.).

При осуществлении надзора
за распространением резистентности ВИЧ к АРВ-препаратам необходимо,
согласно рекомендациям ВОЗ, организовать работу по трем ключевым
направлениям: анализ индикаторов раннего предупреждения появления
резистентности ВИЧ к АРВ-препаратам;

анализ распространенности
первичной резистентности к АРВ-препаратам; анализ
распространенности резистентности к АРВП у больных на первой линии
терапии (в том числе отдельно на старте терапии и у детей в
возрасте до 18 месяцев).

Ключевые составляющие системы надзора за
циркуляцией резистентных штаммов ВИЧ, согласно рекомендациям ВОЗ от
2012 г., отражены на рис.1. С увеличением числа пациентов,
находящихся на антиретровирусной терапии второго ряда, должны
потребоваться дополнительно исследования по распространенности
резистентности к АРВП у больных на терапии второго ряда и схемах
спасения, но в настоящее время в России это не актуально.

Для более
эффективного использования полученных данных должен также
проводиться анализ распространенности различных типов, субтипов ВИЧ
и циркулирующих рекомбинантных форм среди различных категорий
больных.

Исходя из полученной информации должны формироваться
общенациональный подход к профилактике развития резистентности ВИЧ
к АРВ-препаратам и осуществляться мероприятия по оптимизации
диагностических исследований и разработке вакцин.

В
настоящее время при исследовании на лекарственную устойчивость ВИЧ
анализируются следующие гены: ген протеазы, ген обратной
транскриптазы, ген интегразы и ген белка gp120, так как
именно они являются основными генами-мишенями для действия основных
схем антиретровирусной терапии.

Стандартная методика для
выявления резистентности ВИЧ к АРВП на основе генотипирования
включает следующие стадии: приготовление проб – выделение РНК; обратная транскрипция; полимеразная цепная реакция (ПЦР);

автоматическое детектирование нуклеотидной
последовательности (реакция секвенирования); анализ с помощью программного обеспечения
(получение консенсусной последовательности); интерпретация полученных результатов
(виртуальное фенотипирование).

Для проведения
исследования по определению устойчивости ВИЧ к АРВ-препаратам
используется плазма крови. Для исследования требуется не менее
0,5-1,0 мл плазмы.Суть реакции
секвенирования сводится к проведению реакции амплификации, в состав
реакционной смеси которой введены в небольшом количестве
терминирующие дидезоксинуклеотидтрифосфаты ddNTP (проводятся 4
реакции, каждая с определенным типом ddNTP или одна реакция, в
которую вводится 4 типа ddNTP, но каждый тип имеет свою
флуоресцентную метку).

В ходе реакции ddNTP случайным образом
обрывают синтез цепи, при этом остановка осуществляется ddNTP того
типа, который комплементарен последней букве до обрыва. В
результате такой реакции образуются фрагменты различной длины,
последний нуклеотид в которой известен.

Далее проводится
электрофорез с разрешением в один нуклеотид. По последовательности
фрагментов и исходя из знания терминального нуклеотида
восстанавливается вся последовательность. В современном
оборудовании определение последовательности проводится
автоматически.

Предлагаем ознакомиться:  Вирус герпеса - симптомы, способы заражения и распространения

В
соответствии с требованиями по точности во всех тест-системах на
каждый анализируемый образец получается несколько электрофореграмм
(от 4 до 8) с перекрывающимися последовательностями.При помощи специального
программного обеспечения осуществляется конструирование общей
(консенсусной) нуклеотидной последовательности.

электрофореза; подготовительных этапов перед
секвенированием (очистка ампликонов), постановки непосредственно
реакции секвенирования и детекции результатов методом электрофореза
высокого разрешения.

На каждый участок
анализируемого фрагмента должно быть получено не менее двух
электрофореграмм, в противном случае результат анализа участка
считается недостоверным.Консенсусная
последовательность должна быть проверена во всех точках, где
автоматическая интерпретация указала на наличие полиморфизма –
более одного нуклеотида на позицию указывается специализированным
буквенным кодом IUPAC, а также в кодонах, ассоциированных с
мутациями устойчивости.

Буквенный код IUPAC для обозначения полиморфных
позиций

К

G/T

W

A/T

Н

А/Т/С

M

А/С

Y

С/T

V

A/G/C

R

A/G

В

C/T/G

N

A/C/G/T

S

C/G

D

A/T/G

X

1) если в двух
электрофореграммах для позиции наряду с четкими пиками присутствуют
одинаковые подпики, необходимо ввести в позицию вырождение. Если
подпик присутствует лишь в одной электрофореграмме, ввести в
консенсусную позицию нуклеотид, соответствующий основному пику;

2) если на одной из
электрофореграмм в анализируемой позиции присутствует несколько
слабовыраженных пиков одновременно, а на другой электрофореграмме
четкий пик, соответствующий какому-либо из нуклеотидов, то в общей
последовательности вместо вырождения в анализируемой позиции
следует поставить четко интерпретируемый нуклеотид;

3) если на одной из
электрофореграмм в анализируемой позиции присутствует несколько
четких пиков одновременно, а на другой электрофореграмме один
четкий пик, соответствующий какому-либо из нуклеотидов, то в общей
последовательности данную позицию следует считать вырожденной;

4) если присутствует
эффект смещения (соседние пики накладываются друг на друга), то в
общей нуклеотидной последовательности следует указать основание,
присутствующее на второй электрофореграмме;

5) если присутствует
эффект истощения краски (пики с малой амплитудой), то участок
электрофореграммы следует исключить из анализа.Слабовыраженный
пик – пик, высота которого меньше или равна средней высоте пиков в электрофореграмме.

Четкий пик – пик, высота которого больше средней пиков в электрофореграмме.Полученная общая
нуклеотидная последовательность должна быть проанализирована на
наличие: стоп-кодонов; делеций/инсерций;

https://www.youtube.com/watch?v=upload

нетипичных оснований; сдвигов рамок считывания; присутствие в смеси нескольких штаммов.Идентификация каждой
мутации должна быть заверена дважды. После получения анализа
консенсусной нуклеотидной последовательности в случае обнаружения
мутаций резистентности необходимо вернуться к рассмотрению
электрофореграмм на позиции аминокислоты, в которой была обнаружена
мутация резистентности, и пересмотреть полученные данные
(непосредственно пики электрофореграмм).

Ссылка на основную публикацию

Adblock detector